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正确的仪器使用方法和及时的仪器维护是延长仪器寿命、保证仪器正常运转的有效途径之一。
石墨炉的维护在石墨炉膛部分，因为里面是加热高温-低温冷却一个循环过程。同时，里面还有还原性强的石墨产生积碳，此外还有不同的待测物质灰化时产生的烟雾，这些都会在炉膛或者是炉膛光路上的透镜附近凝结。如果长时间不清理，炉膛底部的光控温镜可能会因为积碳的干扰，失去控温能力，导致石墨管烧断。
自动进样器也是维护的重点对象，石墨炉报出数据的精密度低，跟进样量少（10~30ul）有很大关系。其中的毛细管道长年用蒸馏水作为清洗液，难免会有空气灰尘进入并在管路拐弯处集结。日积月累，如果有发现自动进样器吸样或清洗时出现了压力延迟，可能就是此原因了。
同时，如果长时间不用，石墨化炉仪器可能会长出青苔。定时用稀硝酸清洗是很好的选择，但是清洗完毕记得在用蒸馏水清洗管路，因为里面的注射器活塞式金属质地的。
